W strukturze logicznej FA(3) zostało wprowadzone rozwiązanie, które polega na konieczności wypełnienia w elemencie Podmiot2 (tj. w danych nabywcy) znacznika JST.
Zatem podatnik, który wystawia fakturę ustrukturyzowaną jest zobligowany do wskazania w niej, czy dotyczy ona jednostki podrzędnej JST. Odbywa się to poprzez właściwe wypełnienie znacznika jednostki podrzędnej JST, tj. wskazanie "1" lub "2" w polu JST.
W sytuacji, gdy wystawca faktury wskazuje "1", to oznacza, że faktura dotyczy jednostki podrzędnej JST. W takim przypadku, wystawca faktury powinien wypełnić sekcję Podmiot3, w szczególności podać NIP (lub identyfikator wewnętrzny w przypadku korzystania z modelu uprawnień wykorzystującego IDWew) i określić rolę jako "8". Z kolei wartość "2" oznacza, że faktura nie dotyczy jednostki podrzędnej JST.
Do niedawna Dyrektor KIS uważał, że w przypadku podania w fakturze błędnych/niepełnych danych dotyczących jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego należy wystawić fakturę korygującą do zera oraz nową fakturę z poprawnymi danymi tego podmiotu. Organ podatkowy argumentował, że jest to konieczne ze względu na uwarunkowania systemowe (vide: interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z dnia 11 lutego 2026 r., nr 0113-KDIPT1-3.4012.1091.2025.1.JM).
Ww. interpretacja została zaskarżona przez gminę. Ostatecznie Dyrektor KIS zmienił swoje wcześniejsze ww. stanowisko. (...)