Zasady wystawiania faktur regulują przepisy art. 106a-106s ustawy o VAT. Zatem podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług dokonywanych przez niego na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem.

Jednocześnie na mocy art. 106b ust. 2 ustawy o VAT nie jest zobowiązany do wystawiania faktury w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku na podstawie art. 43 ust. 1, art. 113 ust. 1 i 9 lub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3. Przy czym ma on obowiązek jej wystawienia, jeżeli zażąda tego nabywca towaru lub usługi, a żądanie zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę bądź otrzymano całość lub część zapłaty (art. 106b ust. 3 pkt 2 ustawy o VAT).

W podręczniku KSeF 2.0 cz. II pt. "Wystawianie i otrzymywanie faktur w KSeF" MF wyjaśniło m.in., że: "(...) jeżeli żądanie zostało zgłoszone po terminie, wtedy podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury. W takim przypadku, na podstawie ustawy, nie ma obowiązku udokumentowania takiej transakcji. Jeśli jednak podatnik wystawi dokument, to dokumentem tym powinna być faktura (...). Tożsamy sposób postępowania będzie stosował podatnik zwolniony, który z własnej woli dla innych celów będzie dokumentował daną czynność zwolnioną. Wtedy zawsze tym dokumentem będzie faktura, ponieważ rachunek nie stanowi ekwiwalentu faktury, a jego wystawienie nie zwalnia z obowiązku wystawienia faktury. Podatnicy podatku VAT, także zwolnieni, podlegają pod zasady ustawy, więc skoro ustawa określa sposób dokumentowania czynności fakturą, to podatnik zwolniony wystawia w takim przypadku ten dokument, który odpowiednio od 1 lutego/1 kwietnia 2026 r. zasadniczo podlega wystawieniu przy użyciu KSeF. Dotyczy to także tzw. faktur uproszczonych, które od 1 lutego 2026 r. można wystawić w KSeF (...)".